Cергей Эмдин родился в 1971 году в Ленинграде. Окончил Санкт-Петербургский государственный университет и Университет штата Канзас. В 1998 году – Гарвардскую школу бизнеса, в 2008 году – Иркутский государственный технический университет. Является кандидатом экономических наук.
В 1994-2000 гг. работал в московском офисе McKinsey & Co.
С 2000 года занимал руководящие посты на предприятиях группы «Северсталь». В 2002 году был назначен исполнительным директором ОАО «Иркутскэнерго», а в 2005-2008 гг. и с июня 2009 года по март 2010 года являлся генеральным директором компании. Также с мая 2008 года по май 2009 года Сергей Эмдин возглавлял ООО «ЕвроСибЭнерго».
С апреля 2010 года по февраль 2016 года был генеральным директором ООО «Воздушные Ворота Северной Столицы».
В 2016-2021 гг. Сергей Эмдин занимал пост генерального директора Tele2.